Ford bị đột quỵ lần đầu tiên năm 1938, sau đó ông chuyển quyền điều hành công ty cho Edsel. Khi Edsel chết, năm 1943, Ford buộc phải tạm ngừng nghỉ ngơi. Trong tình trạng sức khỏe kém, ông đã chuyển quyền lãnh đạo cho cháu trai Henry Ford II vào tháng 9 năm 1945, và về nghỉ. Ông chết năm 1947 vì một vụ xuất huyết não ở tuổi 83 tại Fair Lane, trong lãnh địa của ông ở Dearborn, và được chôn trong nghĩa trang Ford tại Detroit.